移民问题，历来是水利水电工程建设中最棘手的难题之一。尼尔基水利枢纽移民安置实行“黑龙江省、内蒙古自治区政府负责，县级政府实施，业主参与管理，水利部行业指导”的管理体制。在水利部的指导下，在两省区政府移民机构的组织实施下，在业主、设计和监理各方的密切配合下，移民安置工作取得了阶段性成果，得到了上级有关部门肯定，基本满足了枢纽主体工程建设用地需要，项目建设管理步入规范化轨道。
坚持移民工程实行“项目法人责任制、建设监理制、招标投标制、项目经理制”等基本建设管理制度，对符合招投标要求的项目，按要求进行公开招标或邀请招标，审核项目经理资质，委托工程建设监理。移民新村基础实施项目由移民监理承担，村外专业项目由地方负责委托监理单位承担。
坚持移民项目技施设计成果会审制度。依据包干协议的职能，由尼尔基公司会同两省（区）、地方、监理和设计部门，对技施设计成果（设计文件、预算、图纸）进行会审，重点对设计依据、标准、规模，以及概算编制依据及取费标准等进行审核，并形成纪要，由实施单位组织实施。今年以来，黑龙江省侧对新村平面规划、场地平整、村内基础设施和专业项目（道路、通讯等）实行了会审制度，收到了较好的效果。
认真做好设计变更和专家咨询。对于一般性变更，如实物量错漏登问题，在地方移民部门核实的基础上，由尼尔基公司会同地方、监理和设计单位进行联合复核，并组织会审后确认。移民工程一般性变更由地方、监理同意后，由设计单位提交变更设计后实施。对于移民规划、土地等重大变更由两省（区）负责委托国家有资质的部门进行咨询，提出咨询意见，由设计单位提出设计变更，经尼尔基公司组织专家评估报上级部门审批后实施。黑龙江侧已委托水规总院江河咨询中心对库尾繁荣村浸润、库周影响耕地等重大变更问题进行了咨询，加强设计变更的规范化管理。
规范预备费管理和使用。为加强尼尔基工程移民补偿投资预备费管理，规范预备费审批和使用程序，根据国家有关政策和规定，结合尼尔基工程移民安置实际情况，制定了《尼尔基水利枢纽工程移民补偿投资预备费使用管理办法》，明确了预备费使用审批程序、范围及项目，并经公司董事会审定，现已印发执行，缓解了移民安置实施中的变更和漏项问题，保证了移民安置工作的正常开展。
规范移民项目的验收管理。为了加强移民项目验收管理，促进移民项目验收工作的制度化和规范化管理，根据水利工程验收规程，结合移民工程实际情况，制定了尼尔基工程移民工程单项验收和年度阶段性验收规程。明确了单项工程验收项目划分、验收条件，年度阶段性验收依据、验收范围、项目及内容、程序、评定标准、组织形式等。莫旗、嫩江县组织了部分单项工程验收，规范了验收程序，为年度阶段性验收、移民工程预验收和竣工验收打下基础。
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